Module:bioinformatique

La difference entre ‘’GENBANK’’,’’EMBL’’et ‘’DDBJ’’

Au cours des deux dernières décennies, alors que les progrès des biotechnologies conduisaient à une extraordinaire accumulation de résultats et de nouvelles données biologiques, dans le même temps, le développement de la science informatique permettait l'apparition de puissants systèmes de stockage, gestion et traitement de l'information ainsi que de protocoles de communication électronique permettant sa diffusion. L'automatisation de certaines technologies, en particulier celles relatives au séquençage de l'ADN, contribuait à accroître la productivité des biologistes. En conséquence, l'aspect sans doute le plus apparent de l'importance prise par la bioinformatique est le développement de nombreuses banques de données biologiques: elles se comptent actuellement en centaines et numéro du 1 Janvier de la revue Nucleic Acids Research consacré chaque année aux banques de données en biologie l'information y est de nature variée (images, voies métaboliques, structures chimiques, cartographies physiques ou génétiques, taux d'expression de gènes etc...), les plus nombreuses et volumineuses concernant les données de séquences.
Les principaux critères pris en compte pour qualifier et classer les banques traitant de séquences biologiques sont le caractère primaire ou non des données, une vocation généraliste ou au contraire leur spécialisation, et le fait qu'elles considèrent principalement un type de données (ici les séquences) ou bien qu'elles en intègrent plusieurs, de diverses sources. On entend par données primaires les séquences obtenues expérimentalement, en excluant celles issues de calculs effectués par des programmes informatiques à partir des précédentes ; il est à noter qu'une stricte acceptation de cette définition en excluerait toutes les séquences protéiques déduites par traduction conceptuelle de séquences nucléotidiques (c'est à dire l'immense majorité de celles qui peuplent