Le langage courant confond longtemps rat et souris5 comme l'atteste par exemple la fable de La Fontaine intitulée Le Chat et un vieux rat où l'auteur les regroupe finalement dans l'expression globale « la gent trote-menu » après avoir employé indifféremment l'un et l'autre termes.
Le mot « rat » remonterait à 1170 en tant que « nom usuel de nombreux mammifères rongeurs »6.
En 1606, Jean Nicot dans le Thresor de la langue françoyse tant ancienne que moderne associe le rat à Mus7 mais avant que ce genre ne soit fixé par Linné en 1758.
Dans la seconde moitié du xviiie siècle, L'Encyclopédie ou Dictionnaire raisonné des sciences, des arts et des métiers de Diderot et d’Alembert définit le « rat » comme étant de l'espèce Mus domesticus, c'est-à-dire un synonyme de l'actuelle souris domestique, mais décrit un animal de 14 pouces (35,56 cm) queue comprise et capable de tenir tête à un chat8 et nomme la souris Mus minor9.
Dans sa 1ère édition (1694) et les suivantes, le Dictionnaire de l'Académie française donne du « rat » une définition assez vague, précisant simplement que c'est un « animal à qui les chats donnent la chasse » et le décrivant physiquement comme « petit... au museau pointu... pieds courts... queue longue » et mentionne la différence entre « gros rat » et « petit rat ». Il décrit aussi ses mœurs : « qui ronge & mange les grains, la paille, les meubles, les tapisseries ». L'Académie précise seulement à partir de la 6e édition (1832-5) qu'il s'agit d'un « petit quadrupède de l'ordre des Rongeurs »7. Définition que reprendra presque mot pour mot Émile Littré au xixe siècle dans son Dictionnaire de la Langue Française10.
Dès l'époque classique apparaissent pourtant des différenciations entre les divers « rats » : en 1606 Nicot cite le « rat d'eau »7, en 1668 La Fontaine distingue le « rat de ville » du « rat des champs »11 et en 1725 l'Académie des sciences parle du « rat musqué »6. Diderot et d'Alembert, quant-à eux, en plus du « rat » (la souris