La Bible décrit ses crimes et son châtiment : Dieu, alerté par « le cri contre Sodome », dont le « péché est énorme », est résolu à détruire la ville pour punir ses habitants (Genèse 18:20-21). Il envoie alors deux anges vérifier si le « péché » est avéré. Ces anges arrivent à Sodome et Loth, le neveu d'Abraham, les invite à loger chez lui. Tous les hommes de la ville entourent la maison de Loth en demandant qu'il leur livre les deux étrangers pour qu'ils les « connaissent » (Genèse 19:5). Dans ce passage, les habitants de Sodome disent à Loth : « Où sont les hommes qui sont venus chez vous cette nuit ? Amenez-les nous pour que nous les connaissions. » (En fait, la traduction exacte pourrait être « abuser », voire « pénétrer » plutôt que « connaître ».). Loth propose de donner ses deux filles en épousailles. Le prophète Loth voulait ainsi dire que l'acte d'accouplement n'est légitime qu'entre un homme et une femme puisqu'ils perpétuent la race, mais les habitants de la ville refusent l'échange.

Convaincu de leur crime, Dieu détruit la ville par « le soufre et le feu » en même temps que la cité voisine de Gomorrhe.

« Le soleil se levait sur la terre quand Lot entra dans le Tsoar. Alors l'Éternel fit tomber sur Sodome et sur Gomorrhe une pluie de soufre et de feu ; ce fut l'Éternel lui-même qui envoya du ciel ce fléau. Il détruisit ces villes et toute la plaine, et tous les habitants de ces villes. La femme de Loth regarda en arrière, et elle devint une statue de sel. Abraham se leva de bon matin et se rendit à l'endroit où il s'était tenu en présence de l'Éternel. De là, il tourna ses regards du côté de Sodome et de Gomorrhe et vers toute l'étendue de la plaine ; et il vit monter de la terre une fumée, semblable à la fumée d'une fournaise. »
D'autres passages ainsi que des sources non bibliques évoquent la destruction, en plus de Sodome et Gomorrhe, des cités pécheresses d'Admah et Zéboïm. Seule la cinquième ville de la vallée de Siddim, Zoar, fut épargnée.