La place de la sélection et de ses acteurs dans un contexte d’agriculture agro-écologique reste largement à conceptualiser.

En raison de la continuelle croissance démographique et de la limitation des terres agricoles, l’agriculture se doit d’être toujours plus productive. A ce jour, les techniques culturales font au plus simple c’est à dire au recours à des facteurs artificiels de maximisation de cette production (irrigation, apport d’engrais, traitements phytosanitaires). L’amélioration des plantes intervient en ayant pour principaux critères de sélection le rendement et la qualité de la production. Elle met aux points des types variétaux homogènes pour des systèmes de cultures standardisées.

Les limites auxquelles conduit une intensification agricole ne prenant pas en compte les aspects négatifs qu’elle a sur l’environnement amène à une remise en cause des modes actuels de production. Il s’agit de faire un meilleur usage des ressources naturelles en les gérant dans des systèmes culturaux moins artificiels. Dans cette perspective, l’agriculture gagne en complexité parce que devant prendre en compte la diversité des acteurs qui entretiennent et se partagent ces ressources dans les espaces où ils sont en interaction :

- De nouvelles connaissances sont nécessaires pour caractériser les différents agro-systèmes cultivés et comprendre les fonctions que ceux-ci assurent.

- Il y a lieu de concevoir de nouvelles techniques de production appropriées aux différents écosystèmes cultivés en s’appuyant sur les espèces les plus intéressantes en termes de préservation des ressources et d’équilibre des milieux agricoles.

- Enfin, il faut valider les nouvelles approches en considérant les différentes échelles de l’agro-système (c'est-à-dire pas seulement l’exploitation agricole). Pour cela, des indicateurs d’impact sont à utiliser en relation avec les diverses fonctions des agro-systèmes aux différentes échelles d’analyse.

Dans ce contexte, la sélection