2ème année Bio-informatique
Année scolaire 2013-2014

Valentin SABATET
Maître de stage : M. Harm Nijveen
Superviseur : M. Sanchez Perez

Rapport de stage
Développement d’un outil web permettant la visualisation des profils de conservation en acides aminés des procaryotes extrêmophiles Table des figures

Source personnelle

Université d'Auvergne,
IUT de Clermont-Ferrand,
Campus universitaire d'Aurillac,
Département Génie Biologique

SEQ1
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SEQ11
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SEQ17
SEQ18
Figure 1 : Analyse d’un alignement de séquences protéiques.
(Source personnelle)

Figure 2 : Présentation des différentes étapes de traitement du pipeline.
(Wei Chen, minor thesis, 2014)

a.

b.
Figure 3 : a. fichier sortie comprenant les sites protéiques et leur classement par catégorie.
b. fichier traité par le script perl, affichant le taux relatif d’évolution des sites protéiques.
(Wei Chen, minor thesis, 2014)

Figure 4 : Fichier Excel présentant le taux d’évolution du génome ainsi que le pourcentage de chaque acide aminé.
(Source personnelle)

Figure 5 : Base de données utilisée pour stocker les informations relatives aux extrêmophiles.
(Source personnelle)

Figure 6 : Interface du logiciel.
(Source personnelle)

Page web du logiciel

1. Envoi des données au fichier PHP

4. Modification de la page en fonction des données réceptionnées 1. Demande d’informations au serveur

3. Renvoi des résultats de la requête

Figure 7 : Illustration du principe de fonctionnement d’AJAX.
(Source personnelle)

Figure 8 : Exemple de graphique généré dynamiquement par Highcharts.
(Source personnelle)

Serveur hébergeant la base de données

Figure 9 : Composition atomique des acides aminés. Leur partie variable est surlignée en rouge.
(http://strength-health-alliance.com/wp-content/uploads/2013/02/aminoacids.jpg)

Figure 10 : Export des résultats par l’outil web.
(Source personnelle)

Figure 11 : Export des données du génus Metallosphaera au