Twain commença à structurer sa philosophie personnelle dans les années 1880, et il en donna une première formulation dans Qu'est-ce que le bonheur ?, en 1883. Cette pensée se retrouve dans Un Yankee du Connecticut à la cour du roi Arthur en 1889, par exemple au chapitre 18 :

« […] training is all there is to a person. We speak of nature: it is folly: there is no such thing as nature; what we call by that misleading name is merely heredity and training. We have no thoughts of our own, no opinions of our own: they are transmitted to us, trained into us. »
« …l'éducation est tout ce qu'a une personne. Nous parlons de nature : c'est de la folie : il n'existe rien de telle que la nature ; ce que nous appelons de ce nom trompeur n'est que l'hérédité et l'éducation. Nous n'avons pas de pensées propres, pas d'opinions propres : elles nous sont transmises, inculquées. »
À la fin des années 1890, alors qu'il subit une série de malheurs, il écrit plusieurs histoires exprimant sa pensée, comme Wich Was the Dream?, The Great Dark, qu'il laisse inachevées. C'est en juillet 1898, en Autriche, qu'il écrit la première partie de L'homme, c'est quoi ? Il reprendra le texte en 1901-1902, le travaillera encore pendant quelques années, avant de se décider à le publier. Mais il en supprimera certaines parties, par exemple le chapitre où il soutient que le sens moral de l'homme le place au-dessous de l'animal car il lui permet de faire le mal ; plusieurs autres chapitres supprimés décrivaient Dieu comme un être cruel et vindicatif.

Le texte est terminé en 1905, et Twain décide de le publier anonymement ; il supprime les passages qui pourraient le faire reconnaître et demande à un ami de lui servir d'intermédiaire avec les éditions De Vinne Press qui publient l'œuvre en août 1906. Le texte eut peu d'échos. Un article du New-York Times le juge intelligent mais estime que les thèses présentées ont peu d'intérêt car déjà anciennes.

Twain ne reconnu jamais la paternité du texte.