Un second groupe de thématiques est abordé, et il touche à la spiritualité. En effet, Elisabeth s’intéresse entre autres aux considérations spirituelles, à l’union de l’âme et du corps, notamment de savoir : « comment l'âme de l'homme peut déterminer les esprits du corps, pour faire les actions volontaires (n'étant qu'une substance pensante) ». Voilà une question qui a surtout le mérite de faire apprécier au lecteur les grandes capacités d’analyse dont pouvait faire preuve la princesse. DESCARTES y apporte une réponse: « (…) car, y ayant deux choses en l'âme humaine, desquelles dépend toute la connaissance que nous pouvons avoir de sa nature, l'une desquelles est qu'elle pense, l'autre, qu'étant unie au corps, elle peut agir et pâtir avec lui ». En somme, la réponse de l’auteur laisse envisager l’existence d’une unité entre l’âme et le corps.
Mais au-delà de l’unité découlant de l’union, il y a quand même l’unicité de chaque entité (âme et corps) qu’il convient de prendre en considération. On a conscience de l’existence de l’âme, quoique cette dernière ne puisse être démontrée de manière totalement objective et matérielle. Nos