fectue ses premiers pas en équipe première le 19 janvier 2003, à tout juste 19 ans3, lors du match de Coupe de la Ligue face au FC Metz. Ce jour-là, Chamakh entre en jeu à la 76e minute de jeu en remplacement de Camel Meriem et ne peut empêcher la défaite de son club (1-0)4. Quelques jours plus tard, il découvre la Ligue 1 le 8 février suivant contre le SC Bastia3 (défaite 0-2 à domicile), Chamakh entrant à la 81e minute à la place de Jean-Claude Darcheville5. La saison suivante, il découvre la Coupe UEFA. Petit à petit, le Marocain trouve une place de titulaire et fait partie des éléments clés de la formation bordelaise dès la saison suivante.
En 2007, le club girondin remporte la Coupe de la Ligue au détriment de l'Olympique lyonnais (1-0) et Chamakh participe à l'intégralité de la rencontre6.
Lors de la saison 2008-2009, Chamakh participe activement au sacre des Girondins en Championnat et en Coupe de la Ligue et termine meilleur buteur du club en championnat avec Fernando Cavenaghi, tous deux ayant inscrit treize buts. La même saison, il inscrit une nouvelle Coupe de la Ligue à son palmarès en participant à la victoire des Girondins de Bordeaux sur le Vannes Olympique Club (4-0)7, le 25 avril 2009. Alors que des rumeurs l'envoient en Angleterre, il annonce en juin 2009 son intention de rester à Bordeaux une saison de plus8.
Cette dernière saison dans son club formateur est moins réussie que la précédente. Bordeaux échoue dans sa quête du titre en s'écroulant sur la fin du championnat et terminant à la 6e place. De plus, l'équipe parvient à se qualifier pour une nouvelle finale de Coupe de la ligue mais doit s'incliner face à l'Olympique de Marseille (1-3)9. Dès lors, sa décision de quitter Bordeaux est prise et il livre son dernier match à domicile sous les couleurs des Girondins le 8 mai 2010 lors d'un match contre le FC Sochaux10. Sorti à la 73e minute, il reçoit une ovation du public bordelais et annonce le soir même vouloir rejoindre