En 1648 et 1656, une période se démarque alors : le Sultanat des Femmes. En fait, la plupart des Sultans de cette période ont peu de pouvoir. Le harem impérial, dirigé par la mère du Sultan, dirige en fait le pouvoir politique. La première aurait été Nurbanu, véritable maîtresse de l'Empire dans les années 1560. Le Baylo vénitien Andrea Gritti décrit la « Femme Sultan » Hürrem Sultan (Roxelane) comme une femme au pouvoir extraordinaire et dotée d'une force de caractère rare[citation nécessaire]. Lors de la succession d'Ibrahim Ier (1640-1648), le harem impérial est le théâtre d'un conflit généralisé entre certaines concubines et la mère de Mehmed IV, le successeur d'Ibrahim.
Finalement, cette période voit la naissance d'un contre pouvoir, celui des Grands Vizirs, avec la nomination comme Grand Vizir de membres de la famille Köprülü. Entre 1656 et 1703, ils entament une restructuration de l'Empire et de sa grandeur. Mehmed Pacha Köprülü commence par réformer l'armée. Ensuite, son fils, et successeur, supprime le pouvoir des « femmes sultans ». Le vizirat Köprülü a profité de la baisse du pouvoir des sultans pour satisfaire son désir de pouvoir et de gloire. C'est surtout au niveau militaire qu'il réussit à redorer le blason terni des Ottomans. Leur pouvoir est restauré en Transylvanie, la Crète est complètement conquise en 1669, la Podolie est prise aux Polonais en 1676. Cette période de conflit continu est prolongée avec le vizirat de Kara Mustafa (toujours un Köprülü, mais adopté par la famille) qui déclenche une guerre avec les Autrichiens en ne renouvelant pas la paix de Vasvár conclue en 1664. Il assiège Vienne en 1683. Finalement, le roi Jean III Sobieski de Pologne bat les Turcs. Le pouvoir des Köprülü est alors presque tombé avec l'assassinat de Kara Mustafa par ses janissaires. L'alliance chrétienne de la Sainte Ligue finit par vaincre les Turcs et à leur imposer le Traité de Karlowitz en 1699. Pour la première fois, l'Empire Ottoman perd des territoires