Si on trouve cet esprit de pratique de la Science en accord avec la Foi dans la première moitié du XVIIIe siècle, dans une perspective souvent malebranchiste, tout va changer après 1750. Les Lumières se fondent sur des philosophies dont elles ont évacué les références chrétiennes et elles sont centrées sur la Raison humaine, au mieux dans le cadre d’une théologie naturelle souvent déiste. Les querelles entre clercs, philosophes et hommes de Science, se font plus vives et fréquentes. L’oratorien Lelarge de Lignac, lié à Réaumur, s’oppose à Buffon sur sa vision de la Nature et de l’origine de l’homme. Sans vouloir généraliser, la mentalité des clercs et les thèses de leurs ouvrages deviennent souvent défensives, ce qui n’était pas le cas cinquante ans auparavant. Un anti-naturalisme se fait jour. Parmi les livres caractéristiques de cette attitude intellectuelle, on peut citer la Réfutation du Système de la Nature de l’abbé Bergier (1772) et le Cours complet de Métaphysique de Para du Phanjas (1779).

En parcourant le XVIIIe siècle, tout est loin d’être négatif dans le rapport entre Eglise et Science. Des hommes d’Eglise contribuent nettement au progrès des Sciences, certains ont laissé un nom célèbre, comme l’abbé Nollet. Ils excellent dans les applications des Sciences et Techniques et également dans la diffusion et l’enseignement des connaissances scientifiques. Si au début du siècle, Bougeant, Grozelier, Regnault diffusent les progrès des Sciences de la Nature, de nombreux ecclésiastiques vont ensuite produire et vulgariser des techniques en vue d’aider au développement socioéconomique de leur région, de ceux qu’ils côtoient quotidiennement. L’abbé Pierre-Augustin Boissier de Sauvages en est un exemple dans le contexte languedocien. Cependant jusqu’à la Révolution, d’autres clercs continueront à produire des travaux académiques de valeur. Après 1789, quelques abbés se reconvertissent dans des carrières scientifiques, c’est le cas de René-Just Haüy et de