Dans l’Antiquité, les Grecs la désignèrent d’abord par Skythikos Pontos (la « mer Scythique »). Les Scythes, peuple de langue iranienne, la désignèrent comme Axaïna, c’est-à-dire « indigo ». Les Grecs comprirent d’abord ce terme comme axeinos (de a- privatif et xeinos « étranger ») signifiant dans leur langue : « inamicale aux étrangers ». Plus tard, quand ses courants et ses vents leur devinrent familiers, elle fut désignée comme Pontos (Pontos signifiant « la mer », « le flot ») Euxeinos (eu- « bien » et xeinos « étranger » c’est-à-dire mer « amicale » ou « accueillante », traduit en français par Pont-Euxin)[1].

Les Romains l'appelèrent Mare Caecili (Caecili signifiant « aveugle, fermée »), terme qui fut traduit par la suite par les bulgares en « mer Cécile » (« море Сесил »).

Au XIIIe siècle, elle apparaît sur les portulans génois (ces derniers avaient alors des comptoirs tout autour de ses rives), dans les chroniques de Wavrin et de Villehardouin sous les noms de mer Majoure c'est-à-dire « grande mer » (Mare maggiore en italien, Marea cea Mare en roumain).

Pour expliquer le nom de Noire, terme apparu dans les textes et les cartes à partir du XVe siècle, il existe trois théories : La plus populaire est que ce serait sa couleur lors des tempêtes. On avance parfois que son appauvrissement en oxygène et sa richesse en sulfures, dont certains sont noirs ou très sombres, lui donnerait cette couleur, mais en réalité, ces caractéristiques physico-chimiques ne concernent que les eaux profondes, et en surface la mer "noire" a, comme la plupart des mers, la couleur du ciel en moins lumineux.
Des deux théories scientifiques, la plus ancienne est cet adjectif axaïna (« sombre ») donné par les Scythes : c’est celle qui a la faveur des encyclopédies anglo-saxonnes.
Celle que l’on préfère dans les encyclopédies de langues latines ou grecque, est plus récente : ce nom lui aurait été donné par les Turcs Selçuks (Seldjoukides) puis Osmanlis (Ottomans) installés en