Assad s'est opposé à l'invasion de l'Irak par l'armée américaine en 2003, en utilisant le siège de la Syrie au conseil de sécurité de l'ONU en dépit de l'animosité qui existait alors entre les régimes syrien et irakien. Avec l'assassinat du Premier ministre libanais, Rafiq Hariri, et l'hébergement supposé de militants palestiniens en Syrie, il s'attire les foudres de Washington et de Paris.

Dans le monde arabe, Bachar el-Assad a repris de bonnes relations avec l'OLP et a essayé d'en établir avec des États arabes conservateurs, tout en se tenant garant de l'agenda nationaliste arabe de la Syrie.

Il est reconduit à la présidence de la République par 97,62 % des suffrages exprimés lors d'un référendum présidentiel organisé le 27 mai 2007.

Il a initié le retrait des forces d'occupation syriennes au Liban, sous la pression internationale. En juin 2001, le gros des forces syriennes s’était retiré de Beyrouth et de sa région, et un nouveau retrait des forces de la capitale et du Metn avait eu lieu en avril 2002. Ces redéploiements avaient ramené les effectifs syriens au Liban de 35 000 à 20 000. En septembre et décembre 2004, la Syrie a ramené ses effectifs à environ 14 000 soldats. L'assassinat, en février 2005, de l'ancien Premier ministre libanais, Rafiq Hariri, provoque la colère d'une large partie de la population libanaise, les accusations se focalisant rapidement sur les services secrets syriens. Il a abouti à un troisième redéploiement des troupes syriennes, lancé en mars 2005. Le retrait complet du territoire libanais est effectué à la fin avril 2005.

Le vice-président Abdel Halim Khaddam, annonce sa démission de son poste le 30 décembre 2005 dans une interview à la chaîne Al-Arabiya à Dubaï et se réfugie à Paris avec sa famille. En janvier 2006, il y accuse Bachar el-Assad d'avoir menacé Rafiq Hariri quelques mois avant son assassinat, ainsi que d'être l'une des têtes d'un système mafieux s'étendant à la Syrie et au Liban.

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