Le mot secte a d'abord désigné soit un ensemble d'individus partageant une même doctrine philosophique, religieuse, etc. soit un groupe plus ou moins important de fidèles qui se sont détachés de l'enseignement officiel d'une Église et qui ont créé leur propre doctrine. Une secte peut aussi désigner une branche d'une religion, une école particulière. En ce sens, ce mot n'a rien de péjoratif.

Cependant ce terme a pris une dimension polémique, et désigne de nos jours un groupe ou une organisation, le plus souvent à connotation religieuse, dont les croyances ou le comportement sont jugés obscurs ou malveillants par le reste de la société. Généralement, les responsables de ces groupes sont accusés d'une part de brimer les libertés individuelles au sein du groupe ou de manipuler mentalement leurs disciples, afin de s'approprier leurs biens et de les maintenir sous contrôle, et d'autre part d'être une menace pour l'ordre social.

Cette connotation négative de « secte » est récusée par la plupart des groupes visés, ainsi que par certains juristes et sociologues. Pour dénoncer des activités éventuellement néfastes de certains groupes, l'expression dérive sectaire est devenue récemment la formule officielle de certaines structures gouvernementales comme la Mission interministérielle de vigilance et de lutte contre les dérives sectaires (MIVILUDES).

Enfin, le mot « sectaire » est passé dans le langage courant et désigne une personne fermée à toute discussion, prompte à rejeter autrui, à le mépriser et à le catégoriser
D'un point de vue étymologique, le mot « secte » vient du latin secta, qui a comme définition une voie que l'on suit, un parti, une cause, une doctrine philosophique, une secte religieuse[1]. Ce terme est dérivé du verbe sequi, qui signifie « suivre » (la dérivation étymologique à partir du latin secare, qui signifie « couper », est erronée[2].)

Le mot secte en grec, équivalent de la secta latine, est hairesis (αἵρεσις: option, opinion, secte,