Une gastro-entérite est une infection inflammatoire du système digestif pouvant entraîner de la nausée, des vomissements, des crampes abdominales, des flatulences et de la diarrhée, ainsi que de la déshydratation, de la fièvre et des céphalées (maux de tête).
La gastro-entérite peut être d'origine bactérienne, c'est-à-dire due à la consommation d'eau ou de nourriture contaminée par des bactéries, telles que les colibacilles présents dans les selles (mieux connue sous le nom de bactérie E. coli), les salmonelles (causant la salmonellose), le bacille virgule Vibrio cholerae, causant le choléra, ou la bactérie Shigella causant la shigellose.
Des symptômes de gastro-entérite peuvent aussi être dus à des parasites internes, protozoaires ou amibes pathogènes, tel que le Entamoeba histolytica provoquant la dysenterie amibienne ou amibiase généralement due à des installations sanitaires absentes ou inadéquates.
Cependant, dans les deux tiers des cas1, elle est causée par des virus comme le Rotavirus, (provoquant en particulier la gastro-entérite infantile ou GEI), le Norovirus (dont le Virus de Norwalk), l'Adenovirus, de Calicivirus et l'Astrovirus.
La gastro-entérite est communément appelée « grippe intestinale » (terme inadéquat mais très répandu), lorsqu’elle est causée par un virus, et « empoisonnement alimentaire » ou plus justement « intoxication alimentaire » lorsque causée par une bactérie2.
La gastro-entérite peut également révéler une dysenterie des voyageurs, aussi connue sous le terme de diarrhée du voyageur ou tourista. Celle-ci peut être due à une infection, le plus souvent par des bactéries (notamment Salmonella, Aeromonas, E. coli, Campylobacter, Shigella, Vibrio cholerae (causant le Cholera) et Vibrio non cholérique). Parfois, l'infection peut provenir de virus, Norovirus (principalement Virus de Norwalk), Adénovirus, Astrovirus, Entérovirus, Rotavirus. Plus rarement, la tourista sera causé par des amibes ou protozoaires parasitaires (Cyclospora,