L’auteur, après avoir décrit les méthodes éducatives auxquelles il soumet Émile durant les différentes phases de son enfance et de son adolescence en vient, au livre IV, à exposer l’influence aliénante de l’Église en tant qu’institution dans le développement de la société. Dans une partie intitulée « Profession de foi du vicaire savoyard », il affirme rejeter la toute-puissance et l’autorité des écrits attestant de l’existence de Dieu, et de tous les ouvrages prônant toute doctrine catholique ou protestante, en dehors de l’Évangile.
Rousseau, s’il n’est pas athée, considère l’institution qu’est l’Église comme entièrement aliénante. Il explique que pour lui l’institutionnalisation de l’Église instaure une hiérarchie qui conditionne la société au même titre que la classe sociale, et en accentue les inégalités. Il affirme que la mise en place de cette hiérarchie va détourner l’élève, et le futur citoyen qu’il doit devenir, des principaux objectifs de la foi chrétienne : les valeurs que défend le Christ lui-même, telles que la justice, la bonté, le pardon, ou en