Une telle œuvre choque par les attaques directes contre l'Église et ses représentants, mais aussi par la crudité de certaines scènes, novatrice pour l'époque. Plusieurs passages seraient presque dignes de pages de romans libertins : Diderot croque avec crudité les perversités sexuelles qu'imposent les religieuses aux nouvelles venues. Ce thème, tabou à l'époque, étonne au sein d'un roman du XVIIIe siècle, et l'on ne s'étonne pas que Diderot ait été réticent à le publier de son vivant :
« la supérieure, devenue compatissante, lui arrache l’instrument de pénitence, se met à pleurer, dit qu’elle est bien malheureuse d’avoir à punir, lui baise le front, les yeux, la bouche, les épaules ; la caresse, la loue. Elle la baise encore, la relève, la rhabille elle-même,lui dit les choses les plus douces, la dispense des offices, et la renvoie dans sa cellule ».
La Religieuse constitue donc une œuvre polémique qui s'attaque aux structures cléricales d'enfermement, mais aussi à l'absence de liberté individuelle dans la société de l'Ancien Régime.