Le Maitre et Marguerite est divisé en trois parties principales, et chaque sous-partie est une histoire unique en elle-même. Bien que les histoires semblent diverger, leurs différences est ce qui les rend unique, et éventuellement elles se retrouvent toutes connectées à la fin du roman et évoluent ainsi dans le même lieu, en même temps et possèdent les mêmes personnages.
Dans la première partie, le roman s’ouvre par la conversation innocente que Woland (Satan) entretient avec Berlioz, un athée notoire. Le démon essaie de saisir les vue de ce bureaucrate quant à l’existence de Dieu. L’action ici se déroule à Moscou, et l’on découvre aussi comment l’équipe maléfique de Woland s’attaque aux notables de la société et sème le trouble. Le jeune poète Ivan Biezdomny essaie en vain de cesser l’anarchie causée par Woland et ses acolytes, mais il finit par être considéré comme un fou et se fait alors jeter dans un asile psychiatrique (le même asile dans lequel seront abandonnées toutes les autres victimes des farces de la troupe maléfique, ainsi que le Maitre, livré à déception).
La deuxième partie de situe à Jérusalem, et c’est là que