Entre Enkidu et Gilgamesh s’établit une amitié des plus fortes, primant sur tout, et à laquelle plusieurs commentateurs reconnaissent une forte dimension homosexuelle (Gilgamesh dit avoir « caressé Enkidu comme une femme »). Cette amitié est paradoxale, car les dieux ont créé Enkidu pour en faire un rival de Gilgamesh. Au lieu de cela il en devient un compagnon, qui, même s’il donne de sages avis, prendra part aux outrages du roi contre les dieux et en paiera le prix.
Délégué protecteur de Gilgamesh par la mère de celui-ci, Enkidu prend ce rôle au sérieux. Il affirme ainsi les avantages de l’amitié : l’ami cher peut mettre en garde Gilgamesh contre Houmbaba, ou le sauver du Taureau Céleste. Mais de même, après avoir donné son conseil, qui est généralement plus prudent que les projets impulsifs de Gilgamesh, Enkidu s’engage à soutenir son ami de toute sa force. Même s’il a peur d’Houmbaba et de l’audace du roi, Enkidu ne défaillira pas quand il arrive au combat.
L’amitié peut pourtant sembler ne pas être entièrement positive. Au moment où Enkidu la découvre, à la suite de sa lutte