Le traité s’ouvre sur une « Histoire abrégée de la mort de Jean Calas ». Y est rappelé comment Jean Calas, en raison de son appartenance religieuse, a été inculpé, torturé et condamné à mort pour le meurtre présumé de son propre fils. Ce n’est pas la brutalité de la peine et la barbarie avec laquelle l’affaire a été conduite qui interpelle le plus Voltaire. En effet, le fond du traité touche à la question de l’intolérance et dans le cas de Jean Calas, il s’agit d’intolérance religieuse. Aucune preuve concrète n’est retenue contre Jean Calas, père de Marc-Antoine Calas, qui aurait voulu se convertir au catholicisme. Seule joue contre lui une présomption de culpabilité, une présomption qui, à elle seule, n’aurait pas suffi à le faire condamner, si Jean Calas n’avait pas été protestant.
« d’autres ajoutèrent que le mort devait le lendemain faire abjuration, que sa famille et le jeune Lavaiffe l’avaient étranglé, par haine contre la Religion Catholique ; le moment d’après on n’en douta plus ; toute la Ville fut persuadée que c’est un point de Religion chez les Protestants,