La religion dans Zaïre divise l'ensemble des personnages en deux clans : les musulmans et les catholiques. Orosmane, Corasmin et Mélédor, musulmans turques, sont opposés à Lusignan, Fatime, Nérestan et Chatillon, chrétiens français. Zaïre étant au milieu de ces deux religions, n’est ni définie comme chrétienne, ni comme musulmane. Tandis que Nérestan insiste auprès d'Orosmane sur la différence qui caractérise leurs deux peuples. Cette différence se caractérise par l'identité nationale, mais surtout par l'identité religieuse de chacun. Zaïre, perdue entre deux religions, fait son choix en écoutant son cœur: «Peut-être sans l'amour j'aurais été chrétienne». Cette confrontation entre ces deux religions renforce l'amour de Zaïre pour Orosmane. La conversion de l'héroïne est donc une preuve d'amour envers le sultan.
L’opposition entre les deux religions et l’amour est au centre du drame. Dans la première scène, Zaïre nous livre une réflexion sur la foi du hasard de la naissance : « J’eusse été près du Gange esclave des faux dieux, / Chrétienne dans Paris, musulmane en ces lieux. » Selon elle les vertus et les mérites ne dépendent pa