Les colonisateurs espagnols arrivent dans cette région aux alentours de 1500, y trouvant les tribus indigènes Chibchas (ou Muiscas) et les Tayronas, lesquelles sont décimées et conquises. Les Espagnols y implantent diverses colonies, qui, plus tard, sont converties en provinces fondant la Nouvelle-Grenade comme noyau au tout début et, à partir de 1717, comme vice-royauté. Celle-ci inclut diverses provinces qui ont appartenu jusqu'à ce moment à la juridiction des vice-royautés de la Nouvelle Espagne et du Pérou.

Le mouvement indépendantiste débute en 1810, mené en grande partie par Simón Bolívar et Francisco de Paula Santander, et triomphe en 1819. Le territoire qui est alors connu comme étant la vice-royauté de Nouvelle-Grenade, est converti, le 17 décembre 1819 au congrès d'Angostura, en République fédérale de Grande-Colombie, suite à la bataille de Boyacá (le 7 août 1819) et la proclamation, par Bolívar (le 10 août), de l'union du Venezuela et de la Nouvelle-Grenade[2].

Les divisions au sein du pouvoir interne conduisent en 1830 à la séparation des départements qui composent la Grande Colombie : le Venezuela, l'Équateur et la Colombie. À la suite de cette séparation, Cundinamarca prend le nom de Nouvelle-Grenade jusqu'en 1886 où il devient la République de Colombie. Des divisions internes demeurent, déclenchant ainsi une guerre civile qui aboutit à la sécession de Panamá en 1903, avec l'ingérence des États-Unis.

En 1948, l’assassinat à Bogotá du dirigeant de gauche Jorge Eliecer Gaitan provoque une guerre civile, appelée « La Violencia », entre les deux forces politiques qui se partagent le pouvoir, libéraux et conservateurs, qui dure près de dix ans (1948-1957) et fait 300 000 morts[3]. Cette guerre se termine par un accord de partage du pouvoir entre libéraux et conservateurs, accord dit du Front national, qui durera jusqu'en 1974. Plusieurs groupes armés, notamment de tendance communiste, estiment que cet accord ne se traduit pas par un programme de