C'est à partir du traité signé entre Louis Édouard Bouët-Willaumez et le souverain mpongwè nommé Rapontchombo le 9 février 1839 que les Français étendent progressivement leur influence sur le Gabon : ils créent un poste militaire dans l'estuaire du Komo et la future capitale, Libreville, est fondée par des anciens esclaves libérés d'un navire négrier. La naissance de Libreville (1850) est liée à l'incident du navire négrier brésilien Ilizia. En effet, suite à la capture de ce navire négrier plein d'esclaves, les autorités françaises décident de les regrouper dans un village un peu à l'image de ce qui a eu lieu à Freetown. Ainsi, au départ Libreville, nom choisi pour exprimer la liberté acquise par ces esclaves, est constituée dès le départ de 30 esclaves et constituera le fer de lance du processus d'occupation du territoire gabonais par les Français. À la suite de l'action d'explorateurs tels que le Marquis Victor de Compiègne, son ami Alfred Marche, ou encore Pierre Savorgnan de Brazza, les accords avec les groupes de population intérieure se multiplient ainsi que les missions catholiques. En 1886, le Gabon fait partie intégrante de l'empire colonial français par le décret du 26 juillet.
Voici comment le Bulletin de la Société de Géographie envisageait la présence française au Gabon, en 1889 : « Pour les Européens, il ne saurait être question d’un long séjour dans la Gabonie. Les fatigues, les marches y sont dangereuses. Cette contrée ne peut donc pas devenir une colonie de peuplement ; tout au plus restera-t-elle une colonie de commerce. Actuellement le nombre de Français résidant au Gabon ne dépasse pas le chiffre de cinquante, abstraction faite, bien entendu, des marins et des fonctionnaires. »
La fixation des frontières du Gabon s'est faite progressivement, d'une part à cause de différends avec le Cameroun allemand, puis d'autre part du fait que, dans le cadre de l'Afrique-Équatoriale française, le Gabon a d'abord été rattaché au Congo français dont