Dès la lettre préface, Descartes indique que la raison naturelle, considérée comme le fondement premier de la connaissance, autrement dit la sagesse, peut permettre de rechercher la vérité. Le mode de raisonnement privilégié est ici la déduction. C'est le moyen, pour Descartes, de fonder une morale, considérée comme le fruit de la philosophie. L'esprit doit se détacher des sens pour parvenir au raisonnement.

Dans cette démarche, Descartes prétend se passer de la lumière de la foi. Sans doute le récent débat autour de Galilée (1633) y est-t-il pour quelque chose, lorsque l'on se rappelle que les recherches sur la mécanique céleste, encore à l'état d'hypothèses scientifiques (voir héliocentrisme), furent considérées à cette époque avec une certaine incrédulité par les autorités religieuses. Dans le contexte de la guerre de Trente Ans, la science moderne peine encore à s'affirmer face à la prédominance scolastique porteuse de l hégémonie cléricale dans le domaine du savoir.

« C’est proprement avoir les yeux fermés, sans tâcher jamais de les ouvrir, que de vivre sans philosopher ; et le plaisir de voir toutes les choses que notre vue découvre n’est point comparable à la satisfaction que donne la connaissance de celles qu’on trouve par la philosophie ; et, enfin, cette étude est plus nécessaire pour régler nos mœurs et nous conduire en cette vie, que n’est l’usage de nos yeux pour guider nos pas. Les bêtes brutes, qui n’ont que leur corps à conserver, s’occupent continuellement à chercher de quoi le nourrir ; mais les hommes, dont la principale partie est l’esprit, devraient employer leurs principaux soins à la recherche de la sagesse, qui en est la vraie nourriture ; et je m’assure aussi qu’il y en a plusieurs qui n’y manqueraient pas, s’ils avaient espérance d’y réussir, et qu’ils sussent combien ils en sont capables. Il n’y a point d’âme tant soit peu noble qui demeure si fort attachée aux objets des sens qu’elle ne s’en détourne quelquefois pour souhaiter