Si les philosophes latins parlent peu de théologie, un passage de Varron - reprenant probablement une tripartition théorisée précédemment par l'école stoïcienne[8] - est resté célèbre : il y distingue la théologie mythique, la théologie physique et la théologie politique. Ce passage a été repris par les écrivains chrétiens pour justifier leur propre démarche[réf. nécessaire] ou comme Augustin d'Hippone qui, reprenant cette division, en réfute deux pour ne retenir que la théologie physique comme interprétation du vrai Dieu[9].

L'emploi du terme dans la philosophie classique a, dans les premiers siècles, suscité une méfiance de la part des auteurs chrétiens. Les termes « théologie » et « théologiens » restent associés à la mythologie païenne. Cependant, Clément d'Alexandrie opère une distinction entre la « théologie du Verbe éternel » et la « mythologie de Dionysos ». Peu à peu, le terme ne s'emploie plus que pour la nouvelle religion. Toutefois, son sens précis n'est pas toujours le même : le mot « théologie » peut ainsi désigner les Écritures ou la confession de la foi chrétienne. Pour d'autres théologiens, la théologie était le discours sur la divinité en général, voire sur la seule divinité du Christ. Les auteurs occidentaux emploient assez peu le terme avant l'époque scolastique, préférant des expressions avec le mot sacer, telles que doctrina sacra, sacra pagina ou sacra eruditio. Cependant, les théologiens latins ont fini par l'utiliser couramment dans leurs écrits, et le mot « théologie » a alors reçu le sens, qu'il a gardé, d'étude systématique de la doctrine chrétienne.

À partir du XVIe siècle, le mot théologie redevient plus général. Il est en effet utilisé dans l'expression théologie naturelle, qui désigne la connaissance de Dieu d'une manière considérée comme « naturelle ». Dès lors, il est également utilisé pour d'autres religions que le christianisme, notamment dans des perspectives d'étude comparée des religions. La théologie désigne alors