Fasicule TP2 Rasmol

780 mots 4 pages

Fasicule Rasmol

TP d'introduction à la structure 3D des molécules avec l'outil RasMol

Objectif général du TP.

Familiariser l'étudiant de licence de biochimie à la visualisation 3D des molécules et lui fournir des outils "clefs en main" pour abor manière autonome le logiciel RasMol. RasMol est un visualisateur 3D de molécules assez simple, très rapide qui fonctionne sur to plates-formes et qui permet d'aborder de façon rapide la visualisation 3D des molécules qui est absolument indispensable à tout biochimiste/biologiste. RasMol Copyright (C) Roger Sayle 1992-1999
Version 2.6x1 Mods Copyright (C) Arne Mueller 1998
Version 2.7.0, 2.7.1 Mods Copyright (C) Herbert J. Bernstein 1998-1999 rasmol@bernstein-plus-sons.com Matériel
Le TP aura lieu sur des machines de type PC (sous windows ou sous Linux).

Molécules disponibles

Les structures 3D des macromolécules biologiques sont déposées dans une archive mondiale appelée la PDB. Dans le cadre du T quelques molécules ont été extraites de cette archive située à l'URL suivante: http://www.rcsb.org/pdb/.
1CRN.PDB (molécule d'apprentissage)
1LDM.PDB (molécule d'apprentissage)
2_FRU_C_M1.PDB
2STV
5HMG
Autres…

Installation de RasMol

(si besoin voir avec l'enseignant en focntion de la salle)
Sous windows, l'installation de Rasmol ne nécessite pas d'être administrateur et l'archive se présente sous la forme d'un fichier ex dans n'importe quel répertoire.
Les archives du logiciel sont situées à l'adresse suivante: http://www.bernstein-plus-sons.com/software/rasmol/ Page 1/4

Figure 1. Archives de RASMOL

Pour récuperer l'archive du programme correpondant à la version 2.7.3 sous Windows, il suffit de cliquer avec le bouton droit de la sur le lien encadré de la figure 1 (page d'accueil de RasMol) puis sauver le fichier raswin.exe sur le disque dur. Exécuter le progra
Raswin.exe, vous devez observer une fenêtre graphique de manipulation et une fenêtre de commande en mode texte. Cette fenêt pilotage en ligne du logiciel

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