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Introduction IBI

4302 mots 18 pages
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Professeurs: Christiand DELAMARCHE christian.delamarche(at)univ-rennes1.fr Annabelle MONNIER (BLAST et phylogénie) annabelle.monnier(at)univ-rennes1.fr
3 notes de CC
Cours/TD (semaine 18, fin avril): 2 TD. 45 minutes questions cours et exercices + partie TP (1 heure, BLAST)
Projet à déposer sur l'ENT 2 semaines après le CC, par binômes sur le loup de Tasmanie
Clé: IBI_2015_a

Partie 1: INTRODUCTION

1. Notions de base en bioinformatique et genomique

Extraits du rapport nº 20 du Sénat, F. Sérusclat, 1999 : Domaine fondateur de la génomique, la bio-informatique est constituée de l'ensemble des concepts et des techniques nécessaires à l'acquisition et à l'interprétation de l'information "génétique". Elle seule permet de gérer cette information, qui est quantitativement considérable…
La Génomique: la génomique est l'étude des génomes, de leur organisation, et de leur évolution ainsi que de l'expression et de la fonction des gènes.

Domaines d'étude de la génomique: Biologie cellulaire, physiologie, biologie structurale, biochimie/biologie moléculaire, génomique, génétique... Tous peuvent utiliser des outils de bio-informatique. La génomique intégrée utilise des méthodes expérimentales appliquées à la connaissance exhaustive du vivant.

Les 3 étages de la bio-informatique:
- Niveau de techniques de génomique: production et acquisition des données en masse = GÉNOMIQUE. Il faut donc archiver ces données.
- Niveau d'archivage des données (bases de données). Muy relacionado con el anterior, hay gran cantidad de trabajos relacionados con la organización de estos datos.
- Analyse des données (interprétation biologique)
En el pasado, la biología molecular tradicional se dedicaba al estudio individual de los genes. Pero ha sufrido una evolución:

Génomique traditionnelle : séquençage des génomes complets. Conlleva recolectar información y almacenarla.
Post-génomique : on a plein de données (génomes séquencés parmi d'autres) à analyser. Comprende :
Génomique

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    peut trouver dans la presse ou tout type d’organisme Quantitatives : informations chiffrés dont l’objectif est de mesurer un phénomène (taux…) : Combien? Ponctuelles : Informations que l’on a collecté à un moment donné Qu’est ce qu’une information de qualité ? •  iabilité : probabilité pour qu’une information soit exact : source F elle-même fiable….

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