La Bastille fut utilisée occasionnellement comme cachot dès le règne de Louis XI, mais c’est le cardinal de Richelieu qui la transforma en prison d’État à laquelle restent attachées les lettres de cachet, lettres signées du roi (ou le plus souvent de ses ministres) ordonnant un emprisonnement sans jugement. Paris dispose de plusieurs types de prisons : prisons ordinaires, Hôpital général et prisons d’État (Vincennes, For-l'Évêque). La Bastille était une prison plutôt confortable pour les personnes de qualité (nobles, grands bourgeois) qui disposaient de grandes pièces avec repas fins et d’un domestique, de meubles et de bois de chauffage (grâce à la « pistole »[4]). Les prisonniers royaux sont autorisés à correspondre avec l'extérieur, recevoir des visites et jouissent d'une relative liberté de mouvement au sein de la forteresse. Le marquis de Sade y fut détenu cinq ans et demi. Le nombre de ses prisonniers n’a d’ailleurs jamais dépassé 45. La Bastille comportait également depuis la fin du XVIIe siècle un quartier beaucoup moins agréable pour les prisonniers communs, ainsi que des cachots (et non des oubliettes), situés à six mètres de profondeur et qui servaient de punition aux prisonniers insubordonnés comme, par exemple, le fameux Latude (Louis XVI fait supprimer ces cachots, tout comme la question et les lettres de cachet qu'il abolit le 26 juin 1789). Sous Louis XV, on retrouve beaucoup de convulsionnaires et jansénistes accusés de crime de lèse-majesté. Entre 1661 et 1789, un prisonnier sur six est embastillé[5] pour « faits de lettres » (libraire, imprimeur, colporteur ou auteur de libelle)[6].

L'arrivée d'un nouveau prisonnier est annoncée par une sonnerie de cloche. Les boutiques avoisinantes (notamment les échoppes le long du fossé qui sont louées au Gouverneur) ferment alors et les gardes se couvrent le visage pour ne pas voir le visage du nouveau venu. Ce culte du secret motive également l'enterrement des prisonniers de nuit sous de faux noms. Il