Sa mère étant fille de Louis VII, roi de France, et d'Aliénor d'Aquitaine, elle était nièce des rois Philippe II Auguste, Richard Cœur de Lion et Jean sans Terre.
Le 6 janvier 1186, elle épouse Baudouin VI de Hainaut (1171 † 1205). À la mort de son père Baudouin V, Baudouin entre en conflit avec le roi de France, Philippe Auguste. Marie intervient alors et s’entremet entre son mari et le roi de France, son oncle. Son intervention débouche sur la conférence de Péronne en janvier 1199, où les deux parties arrivent à un accord : le roi conserve les terres au-delà du Fossé-Neuf, tandis que Baudouin IX garde ou recouvre Douai, Ardres, Lillers, La Gorgue, Richebourg, Aire, Saint-Omer, l’avouerie de Béthune et l’hommage du comté de Guînes.
En 1202 Baudouin quitte la Flandre pour se joindre à la quatrième croisade. Ayant récemment donné naissance à Marguerite, leur deuxième fille et n'étant pas suffisamment rétablie, Marie n'est pas vraiment en état de prendre part à la croisade. Elle décide de rejoindre plus tard son mari et embarque à Marseille ou l'attend la flotte flamande commandée par Jean de Nesle, seigneur de Bruges. Elle débarque à Acre, où elle reçoit l'hommage de Bohémond IV d'Antioche1. Là elle apprend que la croisade a été détournée vers la ville chrétienne, de Constantinople, capitale de l'Empire byzantin. Les habitants de Constantinople sont chrétiens (orthodoxes), cela n'a pas empêché les croisés de prendre et saccager la ville. Ils ont ensuite décidé de créer un empire latin à la place de l'Empire byzantin. Le 16 mai 1204 les électeurs assemblés dans le Palais de Boucoléon ont élu Baudouin Ier empereur de Constantinople2. La nouvelle impératrice consort décide de rejoindre son mari à Constantinople, mais tombe malade et décède le 9 août 1204.
La nouvelle de sa mort parvient à Constantinople par des renforts croisée en provenance de Syrie. L'historien Geoffroi de Villehardouin rapporte que Marie était une dame aimable, vertueuse et très