Dans l'ensemble, Naruto a été bien accueilli au Japon et aux États-Unis comme dans le reste du monde. Lors de la sortie du volume 36 en 2006, le manga s'était déjà écoulé à plus de 71 millions d'exemplaires au Japon1, tandis qu'en 2008 le chiffre s'élevait à 89 millions2. En 2008, le volume 43 s'est vendu à plus d'1,1 million d'exemplaires et fut la 8e meilleure vente de l'année dans la catégorie bandes dessinées au Japon. Les volumes 41, 42 et 44 figurent également parmi les vingt premiers, mais sont moins bien classés que le volume 433. Au total, le manga s'est vendu à 4 261 054 exemplaires au Japon en 2008, devenant ainsi la deuxième série la plus lue dans le pays4. Lors du premier semestre 2009, Naruto se classait comme la 3e meilleure vente de manga au Japon, vendu à 3,4 millions d'exemplaires5. Durant cette période, le volume 45 s'est hissé au 5e rang avec 1,1 million d'exemplaires vendus, tandis que le volume 46 s'est classé 9e, après s'être à vendu 864 708 exemplaires, et le volume 44 à la 40e place6. Naruto est aussi l'un des plus grands succès de VIZ Media, son éditeur aux Etats-Unis7, et représente près de 10 % de ses ventes de mangas en 20068. En France, le tome 34 s'est hissé à la 5e place dans le classement 2008 des meilleures ventes de BD publié par Livre Hebdo/Ipsos, en se vendant à 133 000 exemplaires. Les tomes 35 et 36 figurent dans le top 10 aux 8e et 10e places et se sont vendus à 123 000 exemplaires pour le numéro 35 et 118 000 exemplaires pour le numéro 369.
En avril 2010, la Shūeisha a annoncé que les ventes totales pour la série au Japon avaient dépassé les cent millions10, faisant de Naruto la cinquième série de l'éditeur à franchir ce cap après Kochira Katsushika-ku Kameari Kōen-mae Hashutsujo, Dragon ball, Slam Dunk et One Piece.
Le 7e volume, publié par VIZ Media, est devenu le premier manga à remporter un prix Quill (en) après avoir gagné le prix du « Meilleur roman graphique » de 20068. Le manga a également figuré dans la liste des