Des les débuts de la domestication, l'action de l'homme a été à l'origine d'une riche diversité des plantes cultivées à travers le monde. Nous allons voir comment l'homme modifie la biodiversité cultivée. L'homme par le produit de son agriculture a permie au fil des siècle de modifier a très grande échelle la biodiversité nous allons voir les deux plus grande méthode la domestication et la trangenèse.

Depuis environ 10000 ans chaque espèce de plante maintenant cultivées qui était issue d'espèce sauvage ont été modifiées, par un processus simple largement utiliser depuis des millier d'années qui se nomme la domestication. La domestication, est la sélection de certain individue a partir d'une plante sauvage qui à génétiquement modifié soit par polyploidisation (hybridation entre deux espèce, ou l apparition de certaine mutation).

Bien que la plante devienne une nouvelle espèce les caractère qui vont amener la plante a être domestiquer qui vont faciliter la récolte et la culture par l'homme (exemple le blé), ne permettent pas à la plante de survivre naturellement. Il faut généralement que se soit l'homme qui replante les graines années après années, plus les année passe plus le grain devient gros . Les caractères étant choisit par l'homme, par exemple pour la pomme elle a été domestiquer de telle sorte quel soit la plus belle possible, la plus productive, la plus résistante aux maladie ( la plupart des caractères sauvages de la plante n'apparaissent plus).
De ce fait ont peut alors parler de caractère élite c'est a dire qu'un plante a été plusieurs fois modifié jusqu'a finalement avoir presque que des caractère avantageux, bien que le processus reste très long. A cause de variété élite la biodiversité diminue car les commerçant veulent vendre des produit ayant une certaine beauté un bon goût qui résiste et donc ayant de très nombreux atout, tandis que les autres plante disparaisse. En favorisant certain caractère l'homme a permit de largement diversifier