Le programme de maîtrise des pollutions d’origine agricole (PMPOA) est destiné à aider les agriculteurs à effectuer la mise aux normes de leur exploitation et à mettre en place de bonnes pratiques agronomiques. Ce programme vise à réduire la pollution de l’eau, mais sans que les agriculteurs aient à renoncer à une agriculture performante, voire intensive. Il permet aux agriculteurs de mieux gérer la fertilisation des sols de leurs exploitations, notamment en améliorant le calendrier d’épandage et la valorisation des déjections animales.
Le PMPOA est un programme contractuel. Les derniers dossiers ont été engagés financièrement au 31 décembre 2007. Les exploitants ayant signé ce contrat ont donc aujourd’hui fini leur travaux de mise aux normes, ou bien sont en passe de le faire.

Pour bénéficier du programme de maîtrise des pollutions d'origine agricole (PMPOA 2), les éleveurs doivent présenter un diagnostic d'exploitation (Dexel) qui porte sur les pratiques agronomiques, les bâtiments et le stockage des effluents.
En plus du Dexel, l'éleveur doit fournir un projet agronomique qui optimise la gestion des effluents d'élevage. Les éleveurs doivent tenir un plan de fumure annuel et un cahier d'enregistrement des pratiques d'épandage des fertilisants azotés. En Bretagne, une importance accrue est donnée à cette gestion agronomique de l'azote.
Enfin, la circulaire du 29 mars 2004 prévoit la réalisation d’une pré-étude, qui permet le calcul des investissements éligibles. Ceux-ci sont déterminés à partir de ceux contenus dans le projet réellement mis en œuvre par l’éleveur. La notion de projet fictif visant à calculer un montant de subvention sur la situation existante avec transfert sur le projet définitif est abandonné. On procède à un calcul des capacités réglementaires, agronomiques et éligibles sur le projet, en conservant les règles de ventilation des effectifs en vue de déterminer les capacités non éligibles à la charge de l’éleveur.

Les aides financières