Principes de la classification phylogénétique
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Table des matièresI. Les classifications arbitraires2 1.1. Des grecs anciens à la renaissance : des classifications utilitaires21.2. Une classification rationnelle arbitraire, la classification « naturelle »2
12.1. Définir et nommer les espèces2 1.2.2. Méthode divisive (groupes individus)3 1.2.4. Méthode par agglomération (individus groupes)3 1.2.3. Classification naturelle3
1.3.Vers la classification phylogénétique (cladistique)4 1.3.1. Abandon de l’essentialisme pour l’évolution4 1.3.2. Principe de la classification phylogénétique4
1.4.Retour à la classification phénétique avec la biologie moléculaire4 1.4.1. Comparaison de séquences (ADN, ARN, protéines…)4 1.4.2.Horloge moléculaire5
2. La classification phylogénétique6
2.1.Etude des caractères permettant la classification6 2.1.1.Caractères homologues6 2.1.1.1.Définition6 2.1.1.2.Homologie par les connexions6 2.1.1.3.Homologie déterminée par le développement embryonnaire7 2.1.2.Caractères analogues = homoplasie7
2.2.Principe de classification cladistique7 2.2.1.Trouver une référence extérieure au groupe à classer7 2.2.2.Polarisation des caractères7 2.2.3.Construction de tous les arbres possibles8 2.2.4.Choix de l’arbre le plus parcimonieux8 2.2.5.Identification des caractères vraiment homologues8 2.2.6.Analyse de robustesse8
III. Classification phylogénétique simplifiée9
3.1.trois domaines du vivant9 3.1.1.Eubactéries9 3.1.1.1.Diversité trophique9 3.1.1.2.Diversité des modes de vie9 3.1.1.3.Unité structurale10 3.1.1.4. Apparition de la photosynthèse11 3.1.1.5.Apparition de la mitochondrie11 3.1.1.6.Génétique des bactéries11
3.1.2. Archéobactéries11 3.1.3. Bilan12
3.2.Principaux clades d’Eucaryotes13 3.2.1.Photolithotrophes13 3.2.2.Chimioorganotrophes14
3.3.Embryophytes14
3 .4.Métazoaires16
I. Les classifications arbitraires1.1. Des grecs anciens à la renaissance : des classifications utilitaires-les grecs classaient les plantes par