L’année précédant la publication de cet ouvrage, l’Encyclopédie de Diderot et D’Alembert, à laquelle participait Voltaire, connaît un coup d’arrêt par le retrait du privilège royal et la condamnation prononcée par le Parlement de Paris. Voltaire aurait donc trouvé, avec Candide, un moyen de continuer à transmettre les idées des Lumières. But d’ailleurs amplement atteint, vu le succès de ce livre qui, au lieu de ne toucher qu’une élite fortunée et cultivée comme le faisait l’Encyclopédie, a touché presque tous les lettrés.

Institution la plus attaquée du conte, l’Eglise subit au moins trois types de critiques. Tout d’abord, elle n’est pas opposée à la logique guerrière des Etats belligérants, puisqu’au moment du massacre des armées bulgare et abare (III), les rois font chanter des Te Deum dans leurs camps.
De plus, s’appuyant sur la crédulité des gens simples, l’Eglise se sert de puissantes organisations comme l’Inquisition (VI) pour garder un pouvoir entretenu par la superstition. Intolérante, elle tâche d’éliminer les tenants d’autres religions ou de pensées jugées hérétiques. A ce titre, elle n’hésite pas à faire appel à la délation, au meurtre, à la torture et au mensonge. Manipulant les foules ignorantes, elle se dissimule derrière l’image de la vertu renvoyée au peuple, mais ses membres n’hésitent pas à se laisser aller à leurs désirs : le grand Inquisiteur partage en secret Cunégonde avec un banquier juif. Quant à la vieille, elle est la fille du pape fictif Urbain X. Cette précision traduit la désobéissance de ce pape par rapport au vœu d’abstinence que tout religieux consacré prononce. Qu’un pape transgresse ce vœu de la plus naturelle des manières paraît d’autant plus scandaleux.
Enfin, l’ordre jésuite est toujours proche des puissants, qu’ils soient aristocrates ou commerçants, comme en témoigne la présence du jeune baron chez les jésuites du Paraguay ou la secrète entente entre les esclavagistes et les « fétiches » hollandais qui