L'oeuvre de Montaigne est celle d'un sceptique qui veille à bannir les doctrines intangibles et les certitudes aveugles. Il s'attaque à tous les dogmatismes, qu'ils soient religieux ou philosophiques, ne figeant jamais son scepticisme, son doute méthodique sur des certitudes ou des absolus. En pleine guerre de religions, il affiche sa tolérance et son aversion pour les luttes fratricides entre catholiques et protestants, considérant que la complexité des situations ne peut se régler par l'opposition binaire. S'il croit en Dieu, il considère que l'homme ne peut spéculer sur sa nature et qu'il doit être dégagé des croyances et des préjugés qui l'accompagnent ("Apologie de Raymond Sebond"). Pour Montaigne, l'homme a la possibilité et le pouvoir de faire naître en lui la liberté de pensée.

Un des principaux thèmes du Quart Livre est la révolte, figure de la pensée de Rabelais. L’auteur s’engage dans les luttes entre partisans et adversaires des idées de la Renaissance. Il a des comptes à régler, des vengeances à assouvir, des ennemis à pourfendre. Rempli de mépris à l’égard des théologiens de la Sorbonne, il combat les mauvais lecteurs. Le dessein de Rabelais est de mettre sa plume au service des humanistes et évangélistes persécutés. Tous ses Prologues montrent la souffrance d’un homme persécuté.
Le Quart Livre est un voyage allégorique et satirique à travers un monde terrible et inconnu.
En effet, c’est sous le voile d’une fiction géographique que l’auteur du Quart Livre donne une portée universelle à sa satire. Sous couleur d’étudier les coutumes des îles jalonnant ce voyage en mer, il ne vise qu’à décrire les travers sociaux, religieux et les préjugés de son temps qui y sont ridiculisés et bafoués avec une ironie véhémente. Chacune des escales aux pays imaginaires, chacun des récits dans le Quart Livre devient symbolique et comporte une leçon morale.

Exercices spirituels est un ouvrage de méditation et de prière considéré comme le chef d'œuvre d'Ignace de