L'histoire de Charlie Hebdo trouve principalement ses racines dans celle d'un autre journal, Hara-Kiri2. S'étant connus en collaborant au journal Zéro destiné à donner leur première chance aux jeunes talents, Georges Bernier alias le Professeur Choron, et François Cavanna lancent en 1960 le mensuel Hara-Kiri, « journal bête et méchant ». Choron (dont le pseudonyme dérive du nom de la rue du 9e arrondissement de Paris où était installé le siège du journal) est le directeur de publication. Cavanna, rédacteur en chef, rassemble progressivement une équipe qui comprend Francis Blanche, Topor, Fred, Reiser, Wolinski2, Gébé, Cabu. Interdit de publication dès 1961, il reparaît pour être de nouveau interdit en 1966. L'interdiction est levée six mois plus tard. Lorsqu'il reparaît, certains collaborateurs ne reviennent pas, tels Gébé, Cabu, Topor, Fred. On remarque les nouveaux : Delfeil de Ton, Fournier, qui signe alors Jean Nayrien Nafoutre de Sayquonlat et Willem.

En 1969, Cavanna, Choron et Delfeil de Ton lancent le mensuel Charlie3. Ce journal de bande dessinées était initialement la version française du mensuel italien Linus (du nom d'un personnage des Peanuts), qui publiait des séries américaines classiques et des BD contemporaines, à la fois françaises, italiennes et américaines4. La plupart des séries anglo-saxonnes étaient traduites par Cavanna à partir des traductions italiennes de Linus. Comme Linus, Charlie doit son nom à un des personnages des Peanuts, en l'occurrence Charlie Brown5. Delfeil de Ton est pendant un an le rédacteur en chef de ce Charlie Mensuel et y publie, les introduisant ainsi aux adultes en France, les Peanuts de Charles M. Schulz (que le magazine Spirou avait déjà présentés en mini-récit à ses lecteurs, mais ceux-ci étaient des enfants).

1969-1981
En 1969, l'équipe de Hara-Kiri, rassemblée par Cavanna qui, tout en continuant le mensuel, décide de créer un hebdomadaire. Gébé et Cabu reviennent. En février 1969, Hara-kiri-hebdo est