Descartes, qui était partie prenante des recherches scientifiques de l'époque, chercha à laisser à la postérité une méthode scientifique, basée sur le doute méthodique, afin de conduire à la recherche de vérités.
Malgré sa pratique d'un doute radical, Descartes se distingue des sceptiques. Chez ces penseurs grecs, l'épochè consiste en une suspension définitive du jugement qui vise à atteindre l'ataraxie. Il ne faut pas confondre ce doute avec le doute méthodique de Descartes, qui, lui, est provisoire et qui est établi en vue de la découverte d'une vérité indubitable. Le xvie siècle est une époque d'enrichissement de la pensée. De nombreuses découvertes viennent détruire l'unité politique, religieuse... de l'Europe. L'homme est donc perdu dans un monde incertain où rien n'est sûr sauf l'erreur. Mais pour Descartes, l'homme ne peut renoncer à « l'assurance du jugement ». Le scepticisme n'est pas une attitude viable. Son doute méthodique est donc un doute volontaire, raisonné et actif, qui a pour but d'atteindre une certitude, sur laquelle pourra être reconstruit un monde sûr et certain.
Dans le Discours de la méthode, il s'agit d'un doute méthodique. Le fait de penser demande d'introduire une méthode.
C’est sur le sujet pensant que se fondent désormais la connaissance, la morale et le droit. Être sujet, c’est rendre raison des choses et de soi-même, c’est s’affirmer comme être humain libre et responsable.
Descartes en vient à vouloir prouver aussi l'existence de Dieu, par le seul fait qu'il pense son existence. On lit en effet des développements importants dans les Méditations métaphysiques dans ce sens (Méditation troisième : de Dieu qu'il existe, Méditation cinquième : de l'essence des choses matérielles, et derechef de Dieu, qu'il