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Malgré ces acquis du processus de décentralisation en Côte-d'Ivoire, plusieurs problèmes restent à résoudre pour l'améliorer. La décentralisation a été instituée en Côte d'Ivoire sans que les autorités centrales n'aient établi le bilan de la politique de déconcentration. De ce fait, la faible attention accordée à la réflexion préalable devant conduire à un débat national, pour une meilleure compréhension de ce mode d'administration, a constitué un véritable handicap initial.
Ø L'émiettement territorial
De plus en plus, des localités sont érigées en collectivités territoriales (communes et départements) sans respecter les critères définis par les textes en vigueur notamment les limites qui ont été portées à 7km de rayon alors qu'initialement elles étaient à 10km et atteignaient parfois 15km. Par ailleurs, des localités sont érigées en collectivités sans tenir compte de la configuration territoriale et sociologique des pays ruraux et villages-centres.
Cet émiettement territorial actuel, illustré par l'existence de 1008 Communes, 80 départements, 2 districts et 19 régions, constitue un obstacle majeur à la dévolution au niveau local de compétences réelles.
De fait, en raison de leur cadre territorial étroit, leur poids démographique faible, leurs ressources insuffisantes et leurs faibles potentialités économiques, les collectivités ne peuvent qu'être confrontées à de sérieuses difficultés dans leur gestion, a fortiori leur développement.
A l'observation, le souci de promouvoir une administration de proximité a entraîné corrélativement la mise en place de structures juxtaposées dont la viabilité reste encore problématique. De nombreuses contestations surviennent donc à la création de nouvelles collectivités territoriales ou de nouvelles circonscriptions administratives. Les efforts, par la suite, sont plus orientés au règlement des conflits qu'à la gestion de projets pour le développement.
Ø Les réticences