"Né dans une famille de la petite bourgeoisie catholique et d'ancêtres protestants[2], Gustave Flaubert est le deuxième enfant d’Achille Cléophas Flaubert (1784-1846), chirurgien-chef très occupé à l'Hôtel Dieu (hôpital) de Rouen, et de son épouse, Anne Justine Caroline Fleuriot (1793-1872).
Il naît le 12 décembre 1821 après une sœur et deux frères décédés en bas âge[3], et sera délaissé en faveur de son frère aîné, brillant élève admiré par la famille (prénommé Achille comme son père à qui il succèdera d'ailleurs comme chirurgien chef de l'Hôtel-Dieu de Rouen). Gustave Flaubert passe une enfance sans joie, marquée par l'environnement sombre de l'appartement de fonction de son père à l'hôpital de Rouen (aujourd'hui musée Flaubert et d'histoire de la médecine[4]), mais adoucie par sa complicité avec sa sœur cadette, Caroline, née trois ans après lui[5].
Adolescent aux exaltations romantiques, il est déjà attiré par l'écriture au cours d'une scolarité vécue sans enthousiasme au Collège royal, puis au lycée de Rouen, à partir de l'année 1832. Il est renvoyé en décembre 1839 pour indiscipline et passe seul le baccalauréat en 1840. Le premier événement notable dans sa jeunesse est sa rencontre à Trouville-sur-Mer, durant l'été 1836, d'Élisa Schlésinger qui laissera une profonde empreinte en lui jusqu'à la fin de ses jours. Il transposera d'ailleurs cette passion muette, avec la charge émotionnelle qu'elle a développée chez lui, dans son roman L'Éducation sentimentale, en particulier dans la page célèbre de « l'apparition » de Madame Arnoux au regard du jeune Frédéric et dans leur dernière rencontre poignante.
Dispensé de service militaire grâce au tirage au sort qui lui est favorable (cela se pratiquait ainsi à l'époque), Flaubert entreprend sans conviction, en 1841, des études de Droit à Paris où il mène une vie agitée. Il y rencontre des personnalités dans les mondes des arts, comme le sculpteur James Pradier, et de la littérature, comme l'écrivain Maxime Du Camp