Le projet prévoit donc que l'ensemble des enquêtes, y compris les plus sensibles, soient désormais traitées par les magistrats du parquet, mais sous le contrôle d'un nouveau juge, le «juge de l'enquête et des libertés», le «JEL». Celui-ci devra être interrogé pour toutes les mesures attentatoires aux libertés individuelles, et il pourra être sollicité tout au long de la procédure. Ses propres décisions pourront être contestées devant la «chambre de l'enquête et des libertés». Pour les affaires les plus complexes, il pourra ne pas trancher seul, mais statuer en collégialité.
Outre la suppression du juge d'instruction, l'un des changements culturels majeurs que prévoit la réforme, c'est l'introduction de plus de contradictoire dans la procédure : toutes les parties (la victime, le mis en cause, mais également cette nouvelle «partie citoyenne» que crée le texte, une personne qui n'est pas directement victime, mais qui a un intérêt à agir devant la justice) pourront demander des actes d'investigation au magistrat. À de multiples stades de l'enquête, ils pourront contester les décisions du parquet devant le JEL. La chancellerie estime que 20 à 25 % des dossiers devraient faire l'objet de demandes de ce type - jusqu'à présent réservées aux enquêtes menées par les juges d'instruction, c'est-à-dire à peine 4 %.
Une inconnue de taille demeure pourtant : le mode de financement de cette révolution judiciaire, qui promet d'être coûteuse en aide juridictionnelle et en moyens humains. Un nouvel ennemi s'est également invité : le calendrier. Même si les deux premières parties du texte étaient votées séparément - en septembre pour la garde à vue, puis début 2011 pour ce qui concerne l'enquête -, la troisième partie de l'ensemble, le jugement, n'est pas encore rédigée… Et la réforme pourra difficilement prendre pleinement effet avant la prochaine