La fleur de lys serait un ancien symbole des Francs, qui étaient originaires de Flandre où l'iris Faux-Acore ou iris jaune (Iris pseudacorus L.) poussait en abondance sur les rives de la Lys. Le Seigneur d'Armentières en fit le motif de son blason. Lors de l'annexion de son fief par le roi de France, celui-ci décida à son tour de l'ajouter à son propre blason. Ainsi naquit la "fleur de Lys"... qui n'est pas un lys[3]! Un emploi du semis de lys attesté se trouve sur un sceau du prince Louis, futur Louis VIII, en 1211. Semis qui est remplacé en 1375 par trois fleurs de lys, Elle est couramment représentée sous une forme stylisée, jaune sur fond bleu : d'azur semé de lys d'or ou d'azur à trois lys d'or pour la version «moderne».
Pierre-Barthélemy Gheusi (op. cité ci-dessous) donne à la fleur de lys une origine plus guerrière que botanique : ce serait un embout de javelot gaulois (ou encore l'Angon des Francs) avec pointe et crochets (voir l'analogie de forme avec ce sceptre fleurdelisé du blason de Trieste - blasonné "Hallebarde" - et qui serait la lance de Saint Serge selon Neubecker, Le grand livre de l'héraldique ).
Quant au nom, Gheusi l'attribue à Louis VII de France, roi des Francs de 1137 à 1180, le premier qui puisse avec certitude être cité comme ayant porté et arboré « Fleurdelys » phonétiquement, sinon identique, en tout cas très proche de «Flor de Loys» (Fleur du Roi Louis).
On prêtait surtout à Clovis un blason à trois crapauds (ou grenouilles)[4]. Si le blason moderne des rois de France doit quelque chose à celui de Clovis, c'est le nombre 3 : on peut voir dans la réduction de 1375 du semi de lys à trois lys une tentative d'enraciner plus profondément une dynastie, en jouant sur une ambiguïté de forme (de bonne foi ou non… voir ci-dessous l'hypothèse de la « dérive » graphique…).
Parmi les hypothèses donnant à la fleur de lys des origines religieuses, citons cette légende rapportée par Pernette Rickli-Gros et Béatrice Obergfell dans un ouvrage daté