Dans le dernier classement des séries animées de TV Asahi établi en octobre 2006, Naruto est placé en 17e position29, et Naruto Shippuden est souvent cité comme l’un des animés les plus regardés au Japon30,31. Il a également remporté le prix du « Meilleur long programme d'animation » dans le troisième USTV Award qui s’est tenu à l’Université de Santo Tomas, à Manille aux Philippines en 200732. La première compilation DVD (contenant 13 épisodes) publié par Viz Media a été sélectionnée aux « American Anime Award » pour le meilleur modèle d’emballage33. De même, la franchise est classée comme l'un des trois plus grands succès commerciaux de 200834. Naruto a été nommé « Meilleur programme animé » aux USTV Studient’s Choice Award 2009 qui a eu lieu à l’UST Medicine Auditorium le 19 février 200935. Au « Top 10 Anime Properties » de ICv2 de début 2009, Naruto s’est hissé à la 2e place du classement des animés36. Les épisodes de Naruto Shippûden sont apparus plusieurs fois dans les classements établis par Japanese Anime TV37,38. Les ventes de DVD de Naruto Shippuden sont également bonnes et apparaissent régulièrement dans les classements de Japanese Animation DVD39,40. Les épisodes en libre streaming de Naruto Shippuden sont en moyenne visionnés par 160 000 internautes chaque semaine41.

L’anime Naruto a été classé 38e meilleur spectacle d’animation dans le top 100 d’IGN Animated Series42. Les critiques ont souligné que l’objectif premier de la série se concentre sur les affrontements, car ils estiment que les scènes de combat sont plus mises en avant que le contexte. Ils notent que la musique correspond bien à celles-ci, bien qu’elle perturbe quelquefois les dialogues43. Martin Theron de ANN critique la série pour ses long combats, mais il note que beaucoup d’entre eux brisent les « concepts stéréotypés des shōnen ». Les bandes sonores ont été louées pour leur mise en valeur de l’animation et l’atmosphère de la narration44. En revanche, Christina Carpenter de T.H.E.M.