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Le matin du 4 août 1944, l'Annexe fut découverte par les services de sécurité de la police allemande (Grüne Polizei) sur l’indication d'un informateLorsque Silberbauer entre dans la maison, il semble savoir précisément où il doit se rendre. Il se dirige droit vers la « porte-bibliothèque » pivotante qui cache la porte d'accès à l'Annexe et exige qu'on l'ouvre. Silberbauer posta quelques hommes dans l'Annexe en attendant l'arrivée d'un véhicule pour emmener les clandestins.
Alors qu'il interrogeait Otto Frank, Silberbauer vit une sacoche en cuir dont il vida le contenu, sans doute avec l'idée d'y trouver des bijoux. Elle ne contenait que des feuilles de papier et divers livres. Parmi eux se trouvait le journal d'Anne. Le SS demanda alors à Otto, présent dans la pièce, s'il se trouvait dans la cachette quelque bijoux ou de la monnaie. Otto Frank lui indiqua alors de la main les meubles contenant les quelques bijoux et monnaies en leur possession. Le nazi poursuivit son interrogatoire en demandant ensuite depuis quand ils vivaient reclus dans leur cachette. « Deux ans » lui répondit-on. Devant l'incrédulité du nazi face à une telle durée ; Otto Frank fit remarquer alors, sur le mur à côté de l'officier, de nombreux traits horizontaux marqués à l'encre violette. Ces diverses lignes étaient datées depuis le début de leur cachette (1942) et représentaient les poussées de croissance de Margot et d'Anne. Alors que l'officier indiqua à voix haute qu'il octroyait cinq minutes pour tous les clandestins pour réunir leurs affaires ; il continua de parler avec Otto Frank et fut particulièrement surpris d'apprendre que M. Frank était vétéran de la Grande Guerre, avec le grade d'officier dans l'Armée de Terre allemande au moment de l'armistice de 1918.
Les occupants furent embarqués dans des camions et emmenés pour être interrogés. Victor Kugler et Johannes Kleiman furent emportés puis emprisonnés, tandis que Miep Gies et Bep Voskuijl furent laissées