Toutefois, la propriété foncière est très inégalement répartie, les grands domaines latifundiairesabsorbant la majorité des terres, et la pauvreté rurale reste très importante. En 2009, il y avait ainsi 4 millions de familles de paysans sans terre3, le Mouvement des sans-terre (MST) étant leur principal porte-voix. Le gouvernement Lula affirme avoir permis à 520 000 d'entre eux d'obtenir des terres depuis 2003, ce qui est contesté par le MST, fondé dans les années 19803. Le gouvernement Lula a par exemple procédé à l'expropriation de la fazenda da Barra, en 2007, dans la région de Ribeirão Preto, à 300 km de São Paulo, allouant ainsi 1 780 hectares aux paysans sans terre4.
Sur le plan écologique, les progrès de l'agriculture sont liés à une forte déforestation, en particulier en Amazonie et dans le Mato Grosso (plus de 38 % du territoire de cet État en 2007, soit plus de348 000 km2 5, ainsi qu'à de la pollution. En effet, chaque année, les pâturages sont dans un état avancé de dégradation, les agriculteurs cherchent de nouvelles terres car les rendements sont de plus en plus faibles ce qui entraîne la déforestation, première source nationale d'émission de carbone, loin devant la combustion d'hydrocarbure 5. Ces effets délétères ont poussé les principales associations agraires à négocier, en 2006, un moratoire sur le soja (pt) cultivé dans les zones défrichées, lequel a été reconduit jusqu'en juin 2010. Des programmes de reboisement ont également été mis en place, par un exemple dans le bassin d'un affluent de l'Amazone, lefleuve Xingu, zone d'habitat du peuple Xingu et dont les sources correspondent avec des zones de production agricoles5. La pollution agricole affecte d'autres peuples autochtones, tels la petite communauté des Enawene Nawe, à Juína (pt) (Mato Grosso), en aval de la Chapada dos Parecis (pt) 5. Enfin, la fumée des feux, des brûlis et des scieries contaminent la qualité de l'air