Dans les années 1880, Louis Pasteur et ses collaborateurs constatèrent que certaines bactéries, responsables du choléra des poules, lorsqu’elles sont mises en culture pendant plusieurs semaines ou exposées à des conditions défavorables, sont modifiées et perdent leur virulence. Des animaux inoculés avec ces bactéries ne développent pas la maladie et, mieux encore, ils sont protégés contre une infection ultérieure avec l’agent infectieux virulent. Pasteur vient de découvrir la vaccination par des germes pathogènes atténués. Il applique ce principe à d’autres maladies animales (le charbon du mouton, le rouget du porc), puis à la rage. Pasteur réussit à atténuer, sans l’avoir identifié, l’agent responsable de la rage. Ce fut le premier vaccin contre cette maladie, appliqué en 1885 sur un jeune garçon, Joseph Meister.
L’évolution des connaissances permet aujourd’hui de comprendre les principes de base de la vaccination. L’homme, ainsi que tous les vertébrés, est protégé des micro-organismes qui l’entourent par un système de défense extrêmement efficace : le système immunitaire. C’est une véritable "armée" intérieure, composée de milliards de cellules et de molécules. Une des propriétés les plus remarquables du système immunitaire est qu’il est capable de faire la distinction entre les éléments (cellules, molécules) du corps qu’il défend et tout élément "étranger". Autrement dit, il reconnaît le "soi" du "non-soi". Lorsqu’un organisme est envahi par un agent infectieux, son système immunitaire apprend à le reconnaître et produit des cellules et des molécules de défense, à durée de vie parfois très longue, spécifiquement dirigées contre l’agent étranger.
La vaccination repose sur cette propriété du système immunitaire. Elle consiste à introduire dans l’organisme un agent (virus, bactérie ou molécule) qui va sensibiliser le système immunitaire ou l’immuniser, sans être pathogène. Le système immunitaire "apprend" à reconnaître les antigènes du micro-organisme