Qualité de l'au
On parle aussi d'eau douce pour une eau peu calcaire (inversement, une eau dure est une eau très calcaire).
Les eaux douces en tant qu'habitats naturels sont les écosystèmes qui abritent le plus d'espèces aquatiques terrestres, dites dulçaquicoles et qui fournissent une grande part de l'eau potable ou bue dans le monde.
En Europe ils sont couverts par une directive cadre sur l'eau qui impose aux états-membres un objectif pour 2015 de retour à un bon état écologique des masses d'eau.
Les écosystèmes d'eau douce sont victimes de nombreuses sources de pollution, individuelles et collectives, urbaines et industrielles (pollutions accidentelles, effluents insuffisamment épurés, lessivage par les pluies d'orages), agricoles (nitrates, phosphates, érosion source de turbidité, pesticides).
La fragmentation écologique par les grands barrages infranchissables, le réchauffement ou la pollution contribuent à empêcher la libre circulation des organismes aquatiques, dont les poissons migrateurs. Et localement, dans les zones humides et sur leurs bassins versants, les plombs de pêche et de chasse ou de ball-trap perdus sont une source de saturnisme chez les animaux, les oiseaux d'eau étant les plus touchés. Ils sont aussi une source de pollution durable des sédiments.
Les eaux chaudes tendent à perdre leur oxygène qui se dissout naturellement mieux dans l'eau froide, le réchauffement moyen, nocturne notamment des zones chaudes et tempérées est un facteur supplémentaire de dégradation de la biodiversité.
De nombreux poissons d'eau douce font partie des espèces qui régressent dans la plupart des pays développés et en développement, de même que les amphibiens considérés comme de bons indicateurs de qualité des eaux