Rouge Brésil raconte un épisode aussi extraordinaire que mal connu de la Renaissance : la première conquête du Brésil par les Français, sous la conduite d’un chevalier de Malte, Nicolas Durand de Villegagnon2. En 1555, une expédition censée profitable au commerce et au royaume est montée au nom d’Henri II pour fonder la France antarctique sous les tropiques.

Le titre du livre évoque directement le bois brésil, découvert dans ce pays et dont on tire une teinture rouge. L’intensité des échanges commerciaux qu’il suscita entre les continents eut pour résultat de nommer le pays du nom du bois éponyme. Ce roman basé sur des faits réels, s'inspire de multiples sources, notamment du journal de voyage d'un des protestants de l'expédition de Villegagnon : Jean de Léry, Histoire d'un voyage fait en la terre de Brésil et à notre époque, et des précieux éclairages de l’historien français Franck Lestringant, spécialiste du XVIe siècle.

Deux adolescents, Just et Colombe, sont embarqués dans l’expédition pour servir d’interprètes auprès des Indiens. Leur découverte de ce nouveau monde proche de la nature et leur lente maturation à son contact fait toute la trame du roman, centré sur ce choc de civilisations, « cet instant de la découverte qui contient en germe toutes les passions et tous les malentendus à naître » indique Jean-Christophe Rufin dans sa postface — « Bien qu’il concerne des sociétés, ce moment s’apparente à l’état amoureux lorsque deux êtres sont mis en présence pour la première fois. »

Pour créer cette colonie, Villegagnon, amiral de son état, s’implante avec tout son équipage dans une île de la baie de Rio de Janeiro, appelée alors Guanabara. Il consolide sa position en faisant ériger le fort Coligny pour résister à la conquête de ces terres par les Portugais. Des difficultés de tous ordres compromettent bientôt l’œuvre du colonisateur. Pour ramener l’ordre dans une île menacée par toutes les corruptions, Villegagnon demande l’aide de Calvin, ignorant son