Cette partie développe la théorie de la connaissance spinoziste entamée dans son Traité de la réforme de l’entendement, et aborde le problème bien cartésien des rapports entre l’âme et le corps. L’âme est présentée comme l’« idée » du corps. À travers l’âme et le corps, c’est Dieu qui pense et s’étend ; donc plus l’âme comprend d’idées, plus elle exprime de modes de la pensée divine, et plus elle est parfaite, ou « existante », réelle.
La proposition VII avance : « L’ordre et la connexion des idées est le même que l’ordre et la connexion des choses » ; c’est-à-dire que l’être est universellement intelligible.
Au contraire de Descartes, Spinoza n’hypostasie pas les facultés que sont l’entendement et la volonté ; ceux-ci sont des êtres de raison, ils n’agissent pas lors de l’opération de connaissance. Pour Spinoza, il n’y a que des idées et des volitions.
Parmi l’infinité d’attributs que possède la substance, seules la pensée et l’extension (ou l’étendue) sont connues par l’humain ; elles constituent deux essences propres qui sont intrinsèquement différentes