Comme dans tout conte, une morale apparaît toujours. Ici, il s'agit de montrer qu'en quelque sorte, si tout n'est pas bon, tout est passable. Autrement dit savoir trouver ce qu'il y a de bon dans ce qui peut nous paraître relever de l'abus.
Ce sont les lettrés qui nous apportent dans cette œuvre une idée de la morale qu'il y a à tirer de tout ce qu'a pu découvrir Babouc de la ville de Persépolis.
En effet les lettrés apportent quelques éléments d'analyse qui ne laissent pas indifférents Babouc:
– 1er extrait du raisonnement des lettrés, à Babouc: « […]dans tous les temps, dans tous les pays, et dans tous les genres, le mauvais fourmille, et le bon est rare.» Premier élément de la morale, apporté par les lettrés. La phrase nous interpelle et nous permet de relativiser le ''mauvais'', en montrant que même si le bon est rare, il est présent, quelque soit l'époque ou le lieu. On trouve toutefois une certaine fatalité sous entendu de la part des lettrés, le mauvais est là et on n'y peut rien.
Le bon est ainsi élevé au rang de ce qui est précieux, par sa rareté. Le mauvais est considéré comme une banalité.
– 2ème extrait: « [