La République modérée (1879-1899) traverse une série de crises. Au lendemain des désastres de 1870-1871, de la crise économique des années 1880 et du krach de l'Union générale (1882), du scandale de Panamá (1889), une vague d'attentats anarchistes – Ravachol (1892), Auguste Vaillant (1893), culminant avec l'assassinat du président Sadi Carnot par Caserio (1894) – accroît le sentiment d'insécurité. En proie aux doutes et à l'humiliation, au désir de revanche et à l'aspiration à l'ordre, le régime républicain s'oriente vers un nationalisme agressif où entre naturellement l'antisémitisme répandu par Drumont depuis qu'il a publié la France juive (1886).
Fils d'un industriel alsacien israélite qui, profitant pleinement de la révolution industrielle, construit sa propre filature de coton et connaît une brillante ascension sociale, Alfred naît à Mulhouse en 1859. Il a onze ans lorsqu'éclate la guerre franco-allemande ; une des conséquences de la défaite de 1871, le rattachement de l'Alsace et de la Lorraine à l'Empire allemand, bouleverse la vie de la famille Dreyfus. Les troupes allemandes pénètrent dans Mulhouse, l'Alsace subit une germanisation forcée. Pour conserver leur nationalité française, les Dreyfus se font domicilier à Carpentras, où vit l'un d'entre eux. En 1873, le jeune Alfred est envoyé avec son frère Mathieu à Paris, où, élève doué et studieux, il devient bachelier (1876), intègre Polytechnique dont il sort en 1880. Passionné par l'armée, il entre avec le grade de capitaine à l'état-major général. En 1894, il achève une période de deux ans de stage à la Section de statistiques (nom officiel du Service de renseignements).
Le 27 septembre 1894, la Section de statistiques découvre dans la corbeille à papier de l'attaché militaire allemand à Paris un bordereau anonyme annonçant un envoi de documents concernant la défense nationale. Sous prétexte que le bordereau porte quelque ressemblance d'écriture avec la sienne, Alfred Dreyfus est accusé d'avoir livré des