Les formes sauvages Musa acuminata et Musa balbisiana se rencontrent encore aujourd’hui dans une grande partie du Sud Est Asiatique, de l’Inde à la Papouasie-Nouvelle-Guinée. On retrouve encore dans ces régions des bananiers sauvages riches en graines et pauvres en pulpe dans les milieux ouverts (clairières, lisières des forêts).
Le centre de domestication primaire semble être les hautes terres de Papouasie-Nouvelle-Guinée, il y a 6 950 à 6 440 ans avec M. acuminata. Des traces de production bananière pour une consommation humaine datant d'environ de cette époque 1 en Nouvelle-Guinée. Leur diffusion s'est rapidement étendue dans une zone qui va de l'Inde au sud de la Chine via la Birmanie, de Taïwan jusqu'au nord de l'Australie et la Polynésie via les Philippines, l'Indonésie et la Nouvelle-Guinée. Des preuves archéologiques de la culture du bananier se trouvent en Malaisie 3 000 avant notre ère, au Pakistan daté de 2 500 ans avant notre ère, dans le centre de l’Inde 600 ans avant notre ère et 500 ans au Laos. La diffusion en Afrique des plantains AAB daterait de 4 500 ans avant notre ère en Ouganda et de 2 750 à 2 300 au Cameroun, 1 200 de notre ère à l'ile de Pâques. La première apparition au Moyen-Orient date de 300 de notre ère.
Une hypothèse récente est que la domestication des bananiers Eumusa s'est produite, il y a environ10 000 ans, dans les hautes terres de Nouvelle-Guinée. La variété Musa acuminata banksii, à l’origine de la plupart de celles qui sont cultivées aujourd’hui, y serait née et se serait ensuite répandue en Asie du Sud-Est où elle se serait hybridée avec les variétés locales2.
Un centre secondaire de biodiversité se trouve en Afrique de l'est avec le groupe des bananiers triploïdes des hautes-terres de l'est africain dit Groupe Mutika/Lujugira